Птиците в защитената зона
Тези местообитания и традиционното използване на земята осигуряват подходящи условия за размножаване и миграция на 140 вида птици, 50 от които са с европейско природозащитно значение. Пет от тях са включени в категория SPEC 1 като глобално застрашени, 15 в SPEC 2 и 30 в SPEC 3 като застрашени в Европа. Четиридесет и един вид са вписани в Червената книга на България като редки или застрашени, както и 38 вида, включени в Приложение 2 от Закона за биологичното разнообразие.
Планината Понор е от световно значение за гнездящия там ливаден дърдавец (Crex crex). Районът осигурява подходящи местообитания за 35 вида, включени в Анекс I от Директивата за птиците, и още 8 мигриращи вида. Той е един от най-важните обекти в страната за белоопашатия мишелов (Buteo rufinus), скалния орел (Aquila chrysaetos), бухала (Bubo bubo), сивия кълвач (Picus canus), горската чучулига (Lullula arborea), ястребогушото коприварче (Sylvia nisoria) и червеногърбата сврачка (Lanius collurio). Той поддържа значителни популации от планински кеклик (Alectoris graeca), пъдпъдък (Coturnix coturnix), въртошийка (Jynx torquilla), пъстър скален дрозд (Monticola saxatilis) и зелен кълвач (Picus viridis). Понор планина е важна по време на миграция главно за грабливи птици, включително световнозастрашената белошипа ветрушка (Falco naumanni) и степния блатар (Circus macrourus).
Целеви проучвания през периода 2008–2013 г. потвърдиха, че районът е важно място за ловния сокол както по време на миграция, така и по време на размножителния сезон. Множество наблюдения на възрастни ловни соколи дават индикации за възможно размножаване на поне една двойка. ЗЗ "Понор" е важна зона и за мигриращите млади, особено от унгарската популация. Индивидите, които прекарват миграционния и размножителния период от годината в подходящи местообитания, са важен източник за естествено възстановяване на вида в района.